ルーフボックスは4点で留めるのでルーフバーの形状が違っていても(丸まっていても)強度的には問題ない んじゃないかと思います。問題があるとすれば、ルーフボックスの止め具にルーフバー(純正のモンブランの はかなり幅広)が入るかどうか。

インプ用の改造案ですが、文章がわかりづらかったかもしれません(長くて見返す気にもなりません:p)が、 削るのはゴムではなくてスリーブの方です。当初ゴムを削ろうかと思ったのですが、どう考えても見た目が 悪くなりそうなので、スリーブで高さ調整して、あとはゴムの柔軟性に任せる戦略をとりました。 この記事を書いてから見つけたんですが、インプレッサでも車体とゴムの間に隙間が開いてスリーブを削った という 記事を見つけました。この人は2mm削ったと書いてあり、一方私も1mmちょっとのつもりで2mm位削っている気がするので、 隙間はフォレスターとインプレッサで同じくらいあるのかもしれません。

あと、記事には書いていませんが、今つけているキャリアは風切り音が大きいです。
比較対象が、過去持っていたMPV+INNOと現在乗っているネイキッド+INNOなので、風切り音が、フォレスターの車体形状によるものなのか、thuleのバー形状や、 フット形状に寄る物なのかわかりませんが、安全策を取るなら、バーだけでもスクエアじゃない奴にする方がいいかも しれません(インプレッサの例)。問題は?更に高くなることと、?バーの長さが大丈夫か実績が無いこと。
ここまでやるなら(幅広バーの問題が解決するなら)純正の方がいいかもしれません

私はインターネットで購入しています。ここは 案外融通が利いて、セット料金をベースに長さ違いのバーを差額の支払いで対応してくれました。