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とりあえず一件落着ですね。
ちなみに、
>>   RNLCedit.batにPOINTREG.L00をドラッグ ..... 変換するはず
>> >C:\Documents and Settings\Adminstrator>set /p input=
の表示が出た時点で、RNLCedit.pl POINTREG.L00 の実行が終わっている
ので、POINTREG.TXTは出来ていませんか?

ちなみに、"set /p input="は、batファイルの最後に書いていて、
この行が無いと、直前の"RNLCedit.pl %"の実行が終わった途端に
ウィンドウが閉じられてしまい、RNLCedit.plのメッセージが確認
出来なくなるからです。
不要なら消しても構いません

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