L01フォーマットでもうまく動いている気がします。
環境も問題なさそうです

実行時に"異なるメッセージが..."が出るのは私がフォーマットを完全
に解析していないからです。
"set /p input="等が出るのは仕様です
(混乱させてすみません)

"RNLCedit.pl POINTREG.L00"あるいは、"POINTREG.L00をRNLCedit.pl にD&D"
すればPOINTREG.TXTができます。
今回のサンプルだと、東京スカイツリーと種子島宇宙センターですよね。

毎回"L01"を"L00"に変更するのは面倒だと思います。
RNLCedit.plの中の、"L00"を"L01"に全置換して使ってください

仕様なので気にしないでください(前者は本当は気にしないといけないのですが