datula使って15年さん、

ご推察の通り、.patchファイルは、オリジナルファイルに対する差分情報のみを格納したもので、unixだと、patch < patchファイル すると、(patchファイル内で定義している)オリジナルファイルとpatchファイルの差分から、更新後のファイル(今回の場合は、d2m_mod.pl)を作成します。
http://ez4u.exblog.jp/d2013-09-07/　のコマンドウィンドウを見るとイメージしやすいと思います。

オリジナルサイトが閉じてしまっているので、一時的に以下に置きます。
http://18.gigafile.nu/cd37cfd85f0e5072fa9d11e14e68693c3-0522
d2m_mod.pl.txtをd2m_mod.plにファイル名を変えて実行してください